Le Centre Hospitalier Spécialisé du Jura assure une prise en charge des troubles de la santé mentale depuis les services d'urgence des hôpitaux implantés dans les communes suivantes :
Pour les cas de Dole et de Lons le Saunier, le Centre Hospitalier Spécialisé du Jura dispose d'une équipe d'infirmiers en psychiatrie et d'intervenants médicaux de son établissement. Il s'agit de services directement rattachés à l'Etablissement. Le Service d'Accueil et d'Urgences Pscyhiatriques (S.A.U.P.) de Dole dépend du Pôle Adulte Dolois. Le S.A.U.P. de Lons le Saunier dépend quant à lui du Pôle Adulte Lédonien.
Pour les cas de Saint Claude et de Champagnole, le Centre Hospitalier Spécialisé du Jura contribue à la prise en charge médicale par l'intervention, dans les services d'urgence des hôpitaux concernés, de psychiatres ou d'internes del'établissement.