Pour toutes les structures qui dépendent du Centre Hospitalier Spécialisé du Jura, les frais de séjour sont, en principe, directement réglés par les organismes de protection sociale dont dépend le patient (assurance maladie, aide médicale, mutuelle...), à partir des pièces justificatives présentées au bureau des entrées. Dans la mesure où le patient ne bénéficie pas d'une couverture totale (assurance maladie, mutuelle, assurance complémentaire), il s'engage à régler les frais laissés à sa charge. Même s'il est pris en charge à 100% pour les soins par l'assurance maladie, chaque patient doit s'acquitter du forfait journalier hospitalier qui correspond à la part restant à sa charge au titre de l'hébergement. Certaines mutuelles remboursent ce forfait et peuvent faire l'avance de frais. Les assurés sont invités à se renseigner auprès de leur organisme complémentaire.

Lorsque les personnes fréquentant le Centre Hospitalier Spécialisé du Jura rencontrent des difficultés autour de la question de la prise en charge de leur séjour, elles peuvent contacter le service social de l'établissement qui pourra aider dans les démarches. Les médecins ainsi que les cadres de santé des différents services pourront aussi apporter leur aide.

Les patients hospitalisés doivent s'adresser au bureau des entrées pour obtenir un bulletin de situation. Si le patient donne son accord, ce bulletin de situation peut éventuellement être remis à un tiers. Ce bulletin peut notamment être utile auprès des organismes sociaux ou des employeurs.

Les tarifs de l'établissement, soumis à réglementation, sont affichés dans les unités de soins et au bureau des entrées. Il est possible d'obtenir toutes les informations souhaitées et relatives aux frais de séjour en s'adressant au personnel du bureau des entrées (03 84 82 98 07).

Dans le cas où les patients ne disposent pas d'adresse fixe, afin de faciliter les démarches et sous certaines conditions, il leur est possible d'élire domicile au Centre Hospitalier Spécialisé du Jura, le temps que soient réalisés les soins médicaux.